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A gestante é solicitada a deitar-se de costas, de barriga para cima ou, se isso trouxer desconforto, sobre o lado esquerdo. Seu abdome é exposto, e geralmente é colocada uma toalha de papel junto à região púbica para proteger a roupa. Ao lado da mesa de exames está o equipamento de ultra-som - que neste caso chama-se ecocardiógrafo - e a cadeira onde se irá sentar o examinador. A luz do ambiente é reduzida, para que as imagens na tela sejam melhor visibilizadas. Geralmente existe um monitor adicional ou uma tela, colocados de forma a que a gestante, o pai do bebê e, às vezes, os avós, os irmãos ou outros acompanhantes possam seguir o exame do nenê e que o médico possa explicar o que estará vendo.
Enquanto a paciente é preparada, o cardiologista, em outra sala, estuda os exames anteriores que ela já tenha realizado, como as ecografias do primeiro trimestre, com a medida da translucência nucal, as ultra-sonografias obstétricas de rotina e os exames de laboratório.
O médico, após um diálogo inicial, em que se inteira do andamento da gravidez e de alguns detalhes sobre a gestante, passa um gel sobre o abdome, geralmente próximo ao umbigo, para que o ultra-som possa ser conduzido sem interferências. Este gel é transparente, praticamente inodoro e não causa alergias ou irritação à pele, além de não manchar as roupas com as quais eventualmente entre em contato. Em seguida, ele começa o exame propriamente dito, colocando sobre o gel no abdome o aparelho que leva e capta as ondas de ultra-som do ecocardiógrafo, chamado de transdutor. O transdutor está ligado ao ecocardiógrafo por um fio, e o médico o movimenta sobre a barriga da gestante em várias direções e inclinações, para obter as imagens desejadas. Às vezes a pressão do transdutor pode causar algum desconforto, em algum ponto específico, e nesse caso a gestante deve comunicar o fato ao examinador, que mudará a posição do mesmo. Entetanto, na maioria das vezes este é um procedimento indolor e do qual a paciente guarda boas recordações!
O tempo de duração do exame ecocardiográfico fetal é variável, de acordo com a facilidade de observação do coração e do sistema circulatório daquele bebê específico, que pode ou não estar numa posição favorável. De uma maneira geral, a média de duração do procedimento é de cerca de 30 minutos, mas há casos em que todos os dados podem ser adequadamente obtidos em um tempo muito menor, e outros em que o médico precisa de uma hora ou mais para concluir o exame.
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